Томас Джонатан Джексон Альтицер ( потомок и тёзка знаменитого генерала южан Джексона по прозвищу Каменная стена) родился 28 мая 1927 года в Кембридже, штат Массачусетс. Он вырос и пошел в школу в городе Чарльстон в Западной Виргинии,  в 1944 году окончил среднюю школу имени Джексона Каменная стена. Поступил в колледж Сент Джон в Аннаполисе, штат Мэриленд, после года учебы в котором был призван на военную службу в армию США. Прослужив в армии один год он поступил в колледж университета Чикаго, который окончил с отличием в 1948 году. Некоторое время обучался на философском факультете университета Чикаго, однако затем перешел на теологический факультет того же университета. В 1951 году он получил степень магистра теологии, защитив диссеотацию по теме "Природа и благодать в теологии Святого Августина".  Затем поступил в аспирантуру кафедры истории религий университета Чикаго, где защитил диссертацию по теме "Критический анализ "Понимания религии" К.Г. Юнга" и получил степень доктора философии с отличием в 1955 году. В 1954-1956 годах Альтицер работал ассистентом в колледже Уэбаш в Крауфордсвилле, штат Индиана. В 1956 году перешел в качестве ассистента в университет Эмори, где преподавал предмет "Библия и религия", а также работал в институте Свободных искусств и на отделении религии вышеназванного университета. В 1961 он стал доцентом религии университета Эмори, однако в 1968 году оставил его и перешел в университет штата Нью-Йорк в Стони Бруке, где стал профессром английского языка. В 1970 году Альтицер стал председателем междисциплинарной программы религиозных исследований в университете Стони Брук. В 1994 году вышел в отставку и в настоящее время является почетным профессором при университете штата Нью-Йорк, Cтони Брук.